Fra le numerose opere d’arte medievale si segnalano i ritrovamenti dell’antico insediamento del colle di Doss Trento, che domina la città, antico luogo fortificato e di culto. Dall’area della basilica paleocristiana e dell’ annesso oratorio provengono i preziosi mosaici del VI secolo.
Il reliquiario argenteo di Sant’Apollinare, del VI-VII secolo, fu ritrovato durante gli scavi all’omonima chiesa di Trento, ristrutturata poi secondo i canoni del gotico cistercense.
Oltre ai preziosi codici, agli affreschi staccati e alle sculture, appartiene al museo anche una cospicua raccolta di opere in avorio e osso, riconducibile alla produzione di specchi, cofanetti e oggetti preziosi d’uso domestico, realizzati in Italia sulla scia della celebre scultura eburnea del gotico francese.