La corte interna rappresenta il cuore del maniero, sulla quale si affacciano due logge sovrapposte: un loggiato ad arcate a tutto sesto poggiate su colonnine in pietra rossa, risalente al XVI secolo; una seconda loggia con colonnine lignee, affiancata sul lato nord da una grande trifora rinascimentale. Di particolare raffinatezza è il fregio rinascimentale che corre lungo tutta la parete ovest e un tratto della parete nord del loggiato, con grottesche affrescate a monocromo grigio su fondo azzurro, databile 1540 grazie all’indicazione della data segnata sull’architrave dipinto che sostiene il tettuccio. L’intervento decorativo si deve al pittore Marcello Fogolino, pittore vicentino già attivo presso il Castello del Buonconsiglio.

Tra gli ambienti più prestigiosi del primo piano di Castel di sotto, le cosiddette ‘Camere madruzziane’, due vani di diversa grandezza. Le stanze prendono il nome dalla presenza dello stemma Madruzzo, che campeggia nei fregi di entrambe. La decorazione parietale è organizzata su due registri: in basso le pareti sono rivestite da un finto tessuto, con bande verticali a tre colori; in alto corrono magnifici fregi affrescati con motivi allegorici, mitologici e araldici inseriti entro grottesche dipinte a monocromo grigio. Il tutto fu eseguito dal pittore Marcello Fogolino e dai suoi collaboratori intorno al 1540-1541. Al centro dei fregi della camera maggiore si aprono quattro ovati dipinti in piena cromia con lo stemma del vescovo Cristoforo Madruzzo (1512-1578), figure mitologiche e figure allegoriche.
Accanto agli studi, interamente rivestita in legno di cirmolo, vi è la ‘Stube madruzziana’, dotata di un’austera stufa a torre in maiolica verde.